帰化申請をどこの法務局のどの組織で扱うかということや、どうやってその法務局の管轄を決めるかということは、恣意的に取り扱われているわけではありません。様々な法律の条文により、全てはきちんと決められています。
実際の細かい部分は、省令と、省令から委任を受けた者により、決定をするわけですが、その基礎の基礎となる法律は、法務省設置法です。
法務省設置法の範囲内でしか、政令も省令も定めることはできないのです。
法務局・地方法務局・支局・出張所の組織を定めるための外枠は、法務省設置法第１８条から第２０条で定められています。
法務省設置法自体には、「帰化申請（国籍業務）がどうの」といった些末な事は書かれていません。
申請支援センターが毎年担当させていただいている帰化申請研修会に参加された方は、最後にオマケで配布する「帰化申請申請先一覧」で確認することができます。ただ、法律（省令）が毎年変わるので毎年「帰化申請申請先一覧」も変わります。
法務省設置法（法務局及び地方法務局）
第十八条 法務局及び地方法務局は、法務省の所掌事務のうち、第四条第二十一号から第二十三号まで及び第二十六号から第三十一号までに掲げる事務並びに法律（法律に基づく命令を含む。）に基づき法務省に属させられた事務を分掌する。
２ 法務局の名称、位置、管轄区域及び内部組織は、政令で定める。
３ 地方法務局の名称、位置及び管轄区域は、政令で定める。
４ 地方法務局の内部組織は、法務省令で定める。
５ 法務大臣は、政令で定めるところにより、法務局の長に、地方法務局の事務を指揮監督させることができる。（法務局又は地方法務局の支局）
第十九条 法務大臣は、法務局又は地方法務局の所掌事務の一部を分掌させるため、所要の地に、法務局又は地方法務局の支局を置くことができる。
２ 法務局又は地方法務局の支局の名称、位置、管轄区域、所掌事務及び内部組織は、法務省令で定める。（法務局若しくは地方法務局又はその支局の出張所）
第二十条 法務大臣は、法務局若しくは地方法務局又はその支局の所掌事務の一部を分掌させるため、所要の地に、法務局若しくは地方法務局又はその支局の出張所を置くことができる。
２ 法務局若しくは地方法務局又はその支局の出張所の名称、位置、管轄区域、所掌事務及び内部組織は、法務省令で定める。
参考リンク：大阪法務局国籍課
提供：帰化申請の「ＡＳＣ申請支援センター」